รศ.สมชาย เดชะพรหมพันธุ์
ผู้อำนวยการ (พฤศจิกายน 2537 – ตุลาคม 2541)
นายวิทยา ศรียุทธนา
ผู้อำนวยการ (มกราคม 2542 – ธันวาคม 2545
ผศ.ดร.รัชนีภรณ์ ทรัพย์กรานนท์
ผู้อำนวยการ (มกราคม 2546 – ธันวาคม 2549)
ผศ.ดร.ฉันทนา จันทวงศ์
ผู้อำนวยการ (ธันวาคม 2549 – ธันวาคม 2553)
รศ.เทพศักดิ์ ทองนพคุณ
ผู้อำนวยการ (ธันวาคม 2553 – พฤษภาคม 2555)
ผศ.ดร.เกรียงศักดิ์ พราหมณพันธุ์
ผู้อำนวยการ (มิถุนายน 2555 – พฤษภาคม 2563)
ผู้รักษาการแทนหัวหน้าศูนย์ประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อม
(ตุลาคม 2562 – พฤษภาคม 2563)
ดร.พีรพัฒน์ มั่งคั่ง
ผู้อำนวยการ (มิถุนายน 2563-ปัจจุบัน)